Al segle VII aC, aquest poblat ja mantenia contactes comercials amb els etruscs, fenicis i grecs, i cap al 580 aC, els comerciants grecs de Focea procedents de Massàlia van fundar Empúries sobre el turó de Sant Martí (Paleàpolis) i cap a la meitat del segle VI aC es van estendre a terra ferma (Neàpolis). Depenien inicialment de Massàlia, però cap al 500 aC ja se n'havien independitzat. La ciutat, envoltada per una muralla i amb una muralla interior que separava les zones grega i Indiqueta es desenvolupà gràcies a una activitat comercial que abastava tota la costa mediterrània. La seva influència sobre els indígenes donà lloc al naixement de la cultura ibèrica.
L'any 218 aC, durant la Segona Guerra Púnica hi desembarcà un exèrcit romà comandat per Gneu Corneli Escipió, amb l'objectiu de tallar la rereguarda de l'exèrcit cartaginès d'Anníbal. Amb aquest fet s'inicià la conquesta romana de la Península Ibèrica.
